जुन्हेबोटो जिला नागालैंड के मध्य में स्थित है। इसके उत्तर में मोकोकचुंग जिला, दक्षिण में फेक जिला, पूर्व में तुएनसांग और किफिरे जिले तथा पश्चिम में कोहिमा और वोखा जिले स्थित हैं। पूरा क्षेत्र पहाड़ी है और घने जंगलों से ढका हुआ है। जिले का कुल क्षेत्रफल 1,255 वर्ग किलोमीटर है। वर्ष 2011 की जनगणना के अनुसार, जिले की कुल जनसंख्या 1,14,014 है।
जिला मुख्यालय राज्य की राजधानी कोहिमा से 150 किलोमीटर की दूरी पर स्थित है।
